透析袋儲存應當避光，密封，防止高溫及潮濕，可以密封存放于冰箱冷藏室中，不能冷凍結冰，也不能暴曬干裂。一般可以保存五年左右。對于實驗要求不高的透析袋，可以適當反復使用，不建議超過三次。
使用過的透析袋，可以用生理鹽水浸泡以去掉蛋白，并用蒸餾水清洗干凈，然后置50％乙醇中保存即可；用完以后，要*洗干凈，透析袋也可以保存在0.1%疊氮鈉（可防止微生物生長）里；0.05%-0.1%疊氮鈉，或者1mMEDTA，或者50％甘油中4度保存，建議前兩種保存比較好。
但是必須要注意，因為無法*清洗干凈已經使用過的透析袋，所以如果用來透析不同的物質，二次透析時，必定會引起物質混合，所以再次利用的時候應當盡量用來透析同一種樣本。
如果有條件，為了保護實驗結果和物質的純凈，還是盡量一次性使用為好，并不推薦重復使用。
CE膜的透析袋由于有機溶劑耐受性較差，所以不能用乙醇保存，建議使用上海橋星透析袋儲存液，稀釋后浸泡在液體中，置于冰箱冷藏室密閉保存。
